Az az állapot, amikor egy összefüggő élőhely különálló, egymástól gyakran elszigetelt, kis méretű foltokra szakadozik, melyeket egyéb élőhelyek tarkítanak. A kis méretű, fragmentált élőhelyek csak kis állatpopulációkat képesek fenntartani, melyeket a kipusztulás veszélye is sokkal jobban fenyegeti. A foltok esetleg már nem is képesek megfelelő élőhelyet nyújtani azoknak a fajoknak, melyek az eredeti, összefüggő területet benépesítették. A fragmentálódás a fajokat a populációk közötti bevándorlásban is gyakran akadályozza.

Az élőhelyek feldarabolódása vagy a fizikai környezet szerkezetét lassan átalakító geológiai folyamatokból ered, vagy emberi tevékenység következménye, mely lehet az eredeti vegetáció kiirtása, beépítés, városfejlesztés, út- illetve egyéb infrastruktúra építése. A káros mellékhatások néha nem vehetők azonnal észre, és az elégséges élőhelyek látszólag még fenntarthatók. Azonban a beltenyésztés, a territóriumok hiánya és a táplálékhiány azon problémák közé tartozik, melyekkel a kis populációknak szembe kell nézniük. Ennélfogva az élőhelyek feldarabolódása hosszabb távon a fajok diverzitásának csökkenéséhez vezet.